甘南州是黄河、长江上游重要的水源涵养区和补给区，是国家重要的高原生态安全屏障。国务院在《全国主体功能区规划》中，将甘南州的玛曲、碌曲、夏河、合作、卓尼、临潭六县市列为甘南黄河重要水源补给生态功能区，将舟曲、迭部两县列为秦巴生物多样性生态功能区，分别承担水源涵养和生物多样性维护功能。

据甘南州官方消息，该州州委书记和州长担任总河长，对洮河甘南段、白龙江甘南段、大夏河甘南段、黄河干流甘南段(含黑河)、尕海湖5条河流湖泊负责，并率先开展了河流调研和巡河工作。目前，该州有州级总河长、河长7名；县级总河长、河长84名；乡镇总河长、河长813名，辖区各河长已累计巡河48人次。该州还结合“全域旅游无垃圾”行动，加大对当地水域环境卫生综合整治，开展河道垃圾巡查和清理。现已疏浚河道104.3公里，依法取缔非法砂石料场153处，整顿规范入河排污口10处，清理河道、库区漂浮物及河道两旁的生活建筑垃圾超过15万方，基本遏制了河道内乱采滥挖、乱堆乱弃行为，消除了主要河道内的污染和防洪隐患。

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