分析人士指出，这些分歧都不可避免地会为试探性谈判带来一定负面影响。要想谈判顺利进行，各方恐怕都需要作出不小的妥协。

国民党文传会副主委唐德明痛批，渔民权益被牺牲，但翻遍所有报纸，不论是蔡英文办公室、台当局行政主管部门或者所谓的“驻日代表”谢长廷，都没对任何渔民表示歉意的相关说法，好像渔民权益只是无足轻重的一件小事而已。唐德明表示，民进党当局上台后，一再强调“与日本关系友好”，但用人民权益换来的，都只是看得到吃不到的所谓“政治好处”，“对所有台湾民众来说，蔡当局对日本的谄媚，都像是热脸贴冷屁股而已。”

《保护人权规范公权 25件国家赔偿典型案例发布》在日本眼里，台湾地区或许仅仅是一枚棋子的作用。台某些政客尽管鼓吹“台日友好”，但当关乎自己利益时，日本政客会毫不犹豫地抛弃台湾。就像台湾地区前“驻日代表”林金茎所说，有些人，老是把“日本统治非常卓越，战后的国民党统治不行”挂在嘴上，他们也许想用这类发言讨日本人欢心，但“在我看来，就算是日本人，其实内心也看不起这群人吧!”