据台湾媒体报道，M503航线距离台湾海峡中线仅有7.8公里，台方担忧，该航线开启后恐危及台湾往返金门、马祖的飞航安全，台湾空防更可能受到冲击。但据中国大陆民航局表示，该航线为民航航线，大陆空管部门与台湾方面会保持技术性沟通。

M503航线的开辟完全是为了缓解大陆的空域紧张。众所周知，大陆的航空业务近年来高速发展，各地之间的航班骤增，这只要从大陆各地机场的不断扩建、增建就一目了然了。北京首都国际机场90年代初建了T2航站楼，奥运会之前建了当时世界最大的单体航站楼T3。而现在，北京正在南城增建新的大型国际机场。

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