博士毕业后，管中闵在美国伊里诺伊大学香槟校区经济学系任助理教授开始其教学生涯，于1994年放弃获终身副教授的机会举家回台，于台湾大学经济系任教。

此前担任台湾大学校长的是医学博士杨泮池，由于卷入台大教授郭明良论文抄袭风波，杨泮池于2017年6月任满后卸任台大校长职务，由郭大维教授代理校长职务。

《元旦之夜"蜂巢星团伴月" 掀2021年天象剧场序幕》还有遴选委员透露，面谈的时候，管中闵曾表示，“台大既然是大学中的老大，还跟小弟争钱抢资源，成何体统？也无法服众！”他还表示以后如果当上台大校长，“不会做这种事”，非常霸气，多位委员认为台大现在萎靡不振，真的需要强势校长。