分析人士指出，这些分歧都不可避免地会为试探性谈判带来一定负面影响。要想谈判顺利进行，各方恐怕都需要作出不小的妥协。

国民党文传会副主委唐德明痛批，渔民权益被牺牲，但翻遍所有报纸，不论是蔡英文办公室、台当局行政主管部门或者所谓的“驻日代表”谢长廷，都没对任何渔民表示歉意的相关说法，好像渔民权益只是无足轻重的一件小事而已。唐德明表示，民进党当局上台后，一再强调“与日本关系友好”，但用人民权益换来的，都只是看得到吃不到的所谓“政治好处”，“对所有台湾民众来说，蔡当局对日本的谄媚，都像是热脸贴冷屁股而已。”

《这两类账户资金，今后原则上不得查封冻结》中国区域科学协会副理事长肖金成指出，《纲要》提出到2017年北京市城六区人口要有所减少，但这一减少是要通过疏解非首都功能的产业梳理来实现，不应该“为减少人口而减少人口”。另外大兴、顺义等郊区也不是城六区，不属于2017年人口要达标的区，虽然2020年北京全市人口总体上不增加，但离2020年有三年时间，大兴等郊区应该更和缓和科学治理。